L'échelle moléculaire possède une grammaire spécifique, mais commune à toutes les molécules qu'elles soient organiques, inorganiques ou biologiques. Il est nécessaire de la maîtriser parfaitement pour aller jusqu'au bout de ses potentialités, qu'il s'agisse par exemple de la planification d'une synthèse/formulation de principe actif en pharmacie ou encore de l'élaboration de molécules à activités physiques prédictibles.
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